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MRD标准品_40+位点panel标准品

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MRD标准品_40+位点panel标准品

  • 分类:公司动态
  • 作者:科佰生物
  • 来源:科佰生物
  • 发布时间:2023-08-01 10:57
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【概要描述】MRD是指治疗后体内残留的肿瘤细胞或者标志物,通常的翻译有3种,微小残留病灶(Minimal Residual Disease)、可检测残留病灶(Measurable Residual Disease)、分子残留病灶(Molecular Residual Disease)。

MRD标准品_40+位点panel标准品

【概要描述】MRD是指治疗后体内残留的肿瘤细胞或者标志物,通常的翻译有3种,微小残留病灶(Minimal Residual Disease)、可检测残留病灶(Measurable Residual Disease)、分子残留病灶(Molecular Residual Disease)。

  • 分类:公司动态
  • 作者:科佰生物
  • 来源:科佰生物
  • 发布时间:2023-08-01 10:57
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Background

 
 

MRD是指治疗后体内残留的肿瘤细胞或者标志物,通常的翻译有3种,微小残留病灶(Minimal Residual Disease)、可检测残留病灶(Measurable Residual Disease)、分子残留病灶(Molecular Residual Disease)。

 

研发现状

 

现有的针对ctDNA的MRD检测主要有2条技术路线:tumor-agnostic -assays(肿瘤未知分析)和tumor-informed assays(肿瘤知情/先验分析),其中tumor-agnostic -assays仅对血浆检测,利用的是固定的panel(一般为驱动基因和靶向药物基因,也会多组学方法)和分析方法对ctDNA做检测,做分析,代表产品Guardant Health公司的Guardant Reveal;tumor-informed assays需要对原发肿瘤组织进行测序(一般为WES),来鉴定患者的特异基因组变异图谱,然后再定制个性化的panel,针对ctDNA做检测,也就是说需要对组织和血浆都做检测,代表产品为Natera公司的Signatera。国内IVD公司对MRD的检测,截至发稿前,小编遇到的tumor-informed assays为多。

 

Fig 1. 针对MRD的检测两种检测技术路线

 

MRD技术难度很大的一个方面是对超低频突变的检测能力和稳定性,以非小细胞肺癌为例,在早期NSCLC患者血浆中位cfDNA的浓度为7.69 ng/mL,换算在10 mL血浆(20ml全血)中含有大概20,000个单倍体基因组(3.3pg),考虑到cfDNA建库时的损耗以及至少存在2条相同的变异基因序列,10 mL血浆中ctDNA检测到的极限分子信号为0.02%水平,另外, 从TRACERx研究数据推算, 在1 cm3体积的肿瘤情况下, 10 mL血浆中大概含有2条肿瘤来源DNA分子。因此, 在NSCLC中进行MRD检测时, 该检测方法必须可稳定检测出丰度≥ 0.02%的ctDNA。这里有个重要的技术策略,就是Sample Level的策略,对于Site level的0.02%甚至更低,可以通过Samples Level来提高灵敏度。

 

 

MRD标准品

 

 

针对ctDNA检测的MRD诊断IVD的开发,少不了的是性能评价,自然也是少不了标准品的开发,科佰生物是一家专注IVD研发中诊断阳性参考品、检测限参考品、精密度参考品的研发生产型企业,针对ctDNA的超低频标准品的开发,我们推出我们MRD的标准品Package-RefTM MRD Cocktail Reference Standard

 

 
Table 1. Package-RefTM MRD Cocktail Reference Standard的全套产品信息

 

这是一款多基因多位点的panel标准品,基因和位点覆盖范围广,突变类型丰富,十分适合作为LDT和IVD检测的参考品、质控品。

 

 
 
 

 

科佰生物在其中挑选了40+位点(全部具有病理学分级意义的位点)开发ddPCR,采取Fig 2/Fig 3的策略对低频、超低频的位点进行定标:

 

定标方案

 

定标

1

针对0.5%的频率采用优化后的ddPCR对每个位点做精确的定标,平均单孔拷贝数大于6000,确保真实阳性,区分LOB的干扰;

2

针对0.05%的频率,使用样本中自带的高频位点(比如BRAF p.V600E的5%),通过使用ddPCR检验高频位点的频率变化(比如BRAF p.V600E稀释10倍是0.5%),来判断稀释倍数的准确度,进而间接验证对应位点的频率变化;

3

针对0.005%的频率,使用样本中自带的高频位点(比如BRAF p.V600E的5%),通过使用ddPCR检验高频位点的频率变化(比如BRAF p.V600E稀释100倍是0.05%),来判断稀释的准确度,进而间接验证对应位点的频率变化(针对0.05%的BRAF p.V600E采用优化的ddPCR多次检测,要求如下:位点LOB控制在5拷贝以下,有效拷贝数大于12000,多次检测求平均值);

4

针对0%的频率,使用与0.5%一致的ddPCR条件,在保证大于6000拷贝的前提下,阳性低于LOB的值;

Fig 2. Serial Dilution assay for MRD reference standard

 

Fig 3. 如何对低频、超低频的频率进行定标?科佰生物采取了1和4的方法开展定标。

 

 
 

30+基因 40+位点

科佰生物针对Package-RefTM MRD Cocktail Reference Standard的产品,选择了30+基因40+位点(部分基因位点ddpcr数据正在验证中),全部开发ddPCR检测体系,精确定标0.5%的频率波动,选择了8个基因9个位点作为0.05%的稀释倍数验证,选择2个基因2个位点作为0.005%的稀释倍数验证。

Table 2. MRD标准品-0.5%经过ddPCR精确定标的基因,黑色为0.5%的验证基因,红色是用于稀释倍数验证的基因。

 

Package-RefTM MRD Cocktail Reference Standard包含多种突变类型,有SNV/Insertion/Deletion/Fusion,在突变类型上,有Missense/Nonsense/Deletion - In frame/Deletion - Frameshift/Insertion - In frame/Insertion - Frameshift/Translocation/Spice-site等等,在临床的病理分级上基本都是Pathogenic/Likely Pathogenic,具体位点明细如下:

Table 3. Package-RefTM MRD Cocktail Reference Standard-0.5%的部分位点展示,黑色为目标位点,红色为用于稀释倍数验证的位点。

Table 4. Package-RefTM MRD Cocktail Reference Standard的稀释倍数验证数据展示。

科佰生物内部还在进一步开发更多的位点,产品还会进一步升级。科佰生物夏季大促销即将开始,快来选购吧~

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