CLA-NGS细胞鉴定

▏ 背景

▏ 传统多重PCR STR检测及其局限性

目前，细胞系鉴定的传统方法是基于聚合酶链式反应（PCR）的短串联重复序列（STR）分型技术。该技术利用特异性引物扩增多个（通常为9-24个）具有个体间长度多态性的STR位点，生成独特的DNA“指纹”图谱，用于识别细胞系身份和追踪样本来源。

      然而，该方法存在显著局限性：
      检测位点有限：仅覆盖9-24个STR位点（取决于试剂盒），区分能力不足。
      区分近缘样本困难：对遗传高度相似的样本（如近交系小鼠细胞、同源肿瘤谱系）准确性低。
      MSI干扰：MMR基因突变导致微卫星不稳定（MSI），引发遗传漂变、污染细胞过度生长及STR误      判。 灵敏度不足：理论灵敏度5-10%，实际应用中有时无法检出高达20%的污染。
      鼠细胞鉴定困难: 在小鼠细胞系中表现不佳（如研究显示42个样本仅21例结果一致，PLOS ONE, 2019）。
 

▏ 深度测序（CLA with Deep Sequencing）技术

      基于靶向测序600+ SNP位点及染色体片段的深度测序（3000X覆盖）与智能分析，深度测序（CLA with Deep Sequencing）技术可同步实现细胞系高精度鉴定、微量污染检测（1%灵敏度）及多维度遗传解析。

核心优势：
靶向测序：使用含 600+ SNP 和染色体片段的面板，结合 3000X 高深度测序，精准描绘遗传特征。
智能分析：依托先进生物信息学，不仅能检出 SNP，更能分析其频率，提供深度信息。
高通量能力：单次运行可处理数百样本，远超传统 STR 的低通量。
多功能一体：兼具传统 STR 不具备的功能：检测病毒/支原体污染、鉴定人类性别等遗传特征、追踪遗传漂变与系统发育、精确定量混合样本污染。

      基于此，NGS 已成功构建大型 SNP 指纹库（如涵盖 >1200 种人癌细胞系和 30 种小鼠细胞系），点击此处查询SNP指纹库信息。

总结：深度测序CLA技术凭借其深度覆盖、高分辨率、高通量、高灵敏度和多功能性，在细胞系鉴定领域超越了传统的基于PCR的STR检测方法。

 

▏ 深度测序CLA的独特功能

▏ 自动化流程与交付

周期：5-7天（样本接收到报告）
报告内容：污染比例、SNP相似性评分、支原体/病毒状态。
示例报告：CrownChipReport_CCK81-DEMO.html

▏ 应用场景

制药公司：IND申报需FDA要求的生物样本验证。
科研机构：NIH资助和期刊（如Nature）强制要求CLA。
生物银行：高通量样本库的质量控制。